W roku 1941 Lwów przeszedł w ręce niemieckie. Władze Generalnego Gubernatorstwa włączyły Ossolineum w struktury II Oddziału Biblioteki Państwowej we Lwowie (Staatsbibliothek Lemberg). Po wejściu Niemców do Lwowa komisarycznym zarządcą, a następnie kierownikiem wspomnianego oddziału został Mieczysław Gębarowicz, który wcześniej był kierownikiem Oddziału Sztuki lwowskiej filii Biblioteki Akademii Nauk w Kijowie (czyli de facto oddziału zlikwidowanego przez Sowietów Ossolineum). Kuratorem Zakładu Narodowego im. Ossolińskich był w tym czasie książę Andrzej Lubomirski. W kwietniu 1943 roku nominował on tajnie Mieczysława Gębarowicza na dyrektora Zakładu. W ten sposób Gębarowicz połączył oficjalną funkcję kierownika II Oddziału Państwowej Biblioteki we Lwowie z tajną funkcją dyrektora Zakładu Narodowego im. Ossolińskich.
